Паулу Алешандре Родригеш Фонсека родился 5 марта 1973 года в Нампула, в Мозамбике, бывшей португальской колонии, получившей независимость два года спустя после его рождения - в 1975 году.
До 14 лет жил в Африке, затем переехал в Баррейро, округ Сетубал, недалеко от Лиссабона.
Карьеру игрока начал в 1991 году в "Баррейренсе", за который отыграл 4 сезона на позиции центрального защитника: 91 матч, 6 голов. Затем переходит в "Порто", но так и не дебютирует за "драконов", и дальнейшая его карьера проходит в клубах "Леса", "Белененсеш", "Маритиму" и "Виктория Гимараеш". Карьеру игрока закончил в 2005 году в "Эштрела Амадора", за который отыграл 5 сезонов.
В "Эштреле" и началась его тренерская карьера: он руководил молодёжкой с 2005 года по 2007 год. До 2012 года тренировал различные команды в младших португальских лигах. В эти годы приходят его первые тренерские успехи: в 2009 и 2010 годах дважды подряд приводит клуб 3-го дивизиона "Пиньялновенсе" в четвертьфинал кубка Португалии. С клубом "Деспортиво Авеш" выходит во второй дивизион и также приводит команду в четвертьфинал кубка страны.
В мае 2012 года получает приглашение в Премьер-лигу Португалии от клуба "Пасуш де Феррейра" и занимает третье место, зарабатывая право играть в квалификации Лиги чемпионов, что стало историческим достижением для клуба.
После не очень удачного опыта в "Порто", с которым тем не менее выигрывает Суперкубок Португалии, Фонсека возвращается в "Пасуш де Феррейра" и спустя сезон переходит в "Брагу", с которой выигрывает кубок Португалии в 2016 году, обыграв в финале именно "Порто" в серии пенальти.
Фонсека встречался с "Ромой" как главный тренер донецкого "Шахтёра" в 1/8 Лиги чемпионов 2017-18 гг. и проиграл. Такая же ситуация была в 2016 году, когда как тренер "Браги" он уступил в Лиге Европы своему будущему клубу - "Шахтёру".
Фонсека тренировал украинский клуб 3 сезона, и все три сезона выигрывал чемпионат и кубок Украины. В 2017 году выиграл также Суперкубок Украины.
В 2017 году, обыграв в Лиге чемпионов "Манчестер Сити", Фонсека пришёл на пресс-конференцию в маске Зорро, как обещал одному украинскому журналисту в случае победы. "Почему Зорро? Да потому что мне с детства нравилась эта маска. В то время я был беден, а для бедных маска Зорро самая простая для карнавала".
Кроме футбола Фонсека увлекается лошадьми и музыкой. Для удовольствия играет на ударных. Активен в соцсетях: его аккауны в Инстаграм и Твиттер соответственно: @paulofonseca_oficial и @PFonsecaCoach.